Деградация агробиоценозов и экосистем различного уровня обусловлена нерациональным применением удобрений, средств защиты растений, биологически активных и генетически модернизированных (ГМ) продуктов, разрушением почв под влиянием механических обработок, поступлением в почву отходов сельскохозяйственного производства и сельских поселений, нефтепродуктов и отходов переработки сельскохозяйственной продукции.